Jiraiya yang menyusup ke desa
Amegakure untuk mencari informasi
Pain, akhirnya diketahui oleh Pein lewat telepatinya. Sebelum Jiraiya bertemu dengan Pein, Jiraiya bertemu dengan anak muridnya dulu yaitu
Konan. Konan menampakkan dirinya sebagai manusia kertas. Pein akhirnya bertemu dengan Jiraiya. Ternyata Pein dulunya adalah anak murid dari Jiraiya bersama Konan, Yahiko, dan Nagato. Setelah mengetahui bahwa Pain adalah salah satu muridnya, tiba-tiba Pain langsung menyerang Jiraiya. Pertarungan tingkat tinggi ini, sarat dengan jurus-jurus yang hebat.
Di tengah pertarungan, Jiraiya melihat bahwa kedua mata Pain sangat tidak lazim. Baru diketahui oleh Jiraiya, kedua mata itu merupakan mata yang sama dengan
Rikudou Sennin/Sage of the Six Paths yang bernama Rinnegan. Dalam keadaan terdesak, Jiraiya memanggil dua kodok tua;
Fukasaku dan
Shima dan dia memasuki Sage Mode, pertarungan terjadi antara Jiraya dan Pain dan Jiraiya berhasil mendesak Pain lewat genjutsu nyanyian katak yang dikeluarkan kedua katak tersebut dan dia berhasil mengalahkan tiga tubuh Pain namun ternyata muncul 3 tubuh Pain yang lain. Tangan kiri Jiraiya terpotong, bahkan Pain menghidupkan lagi tubuh-tubuh Pain yang dikalahkan Jiraiya dan salah satu dari mereka mirip dengan Yahiko mantan muridnya. Dalam keadaan terdesak Jiraiya masih mampu mengalahkan satu tubuh Pain dan meminta Shima pergi ke desa Konoha untuk memberikan informasi ini. Akhirnya dia menyadari siapa wujud asli Pain tapi Jiraiya tertusuk 5 tombak dan tenggorokannya hancur. Dalam keadaan sekarat dia teringat masa lalunya bersama Tsunade, Orochimaru, Sarutobi dan Hokage keempat dan dia ingat bahwa Naruto adalah nama yang diambil Yondaime (Hokage keempat) dari karakter novel pertamanya, "Tale of a Gutsy Shinobi" dan dia menyadari bahwa Naruto adalah murid yang diramalkan oleh pertapa kodok raksasa yang pernah dia temui puluhan tahun yang lalu, dan bukan Pain dan dia memberitahukan Naruto rahasia tentang tubuh Pain dengan memberikan kode rahasia pada Fukasaku sebelum dia mati
Keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain beserta teman kecil sekaligus anggota Akatsuki, Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, yang menggantikan tubuh yang dihancurkan Jiraiya sebelumnya, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pain yang bertemu dengan
Iruka langsung hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan
Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pain.
Tsunade memerintahkan seekor kodok yang berasal dari Myobokuzan yang ditinggalkan di Konoha, untuk memanggil Naruto kembali ke Konoa, tetapi kodok tersebut dibunuh oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra Senjutsu' untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu mengubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil
Kuchiyose miliknya. Pertarungan Kakashi melawan Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain salah satu tubuh tersebut bebrubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. tapi karena kehebatan Kakashi kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan
Akimichi, sangat membantu banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pein oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pein yaitu Asura. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pein dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai,
Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai Kakashi dia menggunakan mangekyou sharingan untuk menghilangkan paku itu dan Kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong chouji yang akan melapor pada tsunade tentang kemampuan salah satu Pain.
Disaat yang sama
Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru.
Naruto telah kembali dari latihannya dengan menggunakan pakaian seperti baju hokage. Naruto meminta agar Tsunade untuk mundur dari pertarungan melawan Pain.
Kekuatan
sage naruto diperlihatkan, ternyata satu tubuh pain mati ditangan naruto. Pain kemudian mengeluarkan kuchiyose no jutsunya tapi naruto berhasil menangkisnya. Bahkan naruto berhasil menghajar 2 tubuh pain sekaligus dengan rasengan. setelah mengalami pertempuran yang dahsyat akhirnya hanya 1 pain yang tersisa dan diketahui memiliki kenyataan yang mengerikan bahwa pain yang terakhir,bukan yang asli.Tubuh asli pain ada di dalam pohon yang terbuat dari kertas bersama dengan konan .
Kesal karena naruto akan kalah
hinata turun dan melindungi naruto akan tetapi hinata langsung sekarat oleh pain, sebelumnya oleh pain hinata mengungkapkan perasaanya kepada naruto. Naruto yang mengetahui hinata diserang, marah hingga mengeluarkan chakra kyuubi hingga ekor 6.Pain yang terdesak mengeluarkan segel terkuat dan terlarang yang disebut "chibaku tensei"
untuk mengurung kyuubi .Di saat yang sama naruto dihasut oleh siluman rubah agar membuka seluruh segelnya , pada saat akan membuka segel terakhir yaitu segel ekor ke sembilan,tiba tiba datanglah hokage ke empat menemui naruto.
Yondaime memberitahu bahwa naruto adalah anaknya sendiri, dan membuat naruto bangga karena ayahnya adalah hokage. Ternyata Yondaime juga mengetahui tentang Jiraiya, Tobi aka Madara, dan kekuatan Pain. Lalu naruto bangkit dan mengeluarkan chakra Sage akhirnya ia mulai menyerang Pain god Realm dengan Rasengan Shuriken. Lalu
God Realm melawan Rasengan Shuriken dengan Shinra Tensei. Ditempat lain, Hinata akhirnya bisa diselamatkan oleh Sakura. Kagebunshin Naruto memegang Pain agar tidak bergerak. Tapi Shinrai Tensei yang gagal melawan Rasengan Shuriken juga menyelamatkan Pain. Akhirnya Naruto mengeluarkan Jurus Seribu bayangan dan Pain hanya memberi waktu 5 detik. Serangan kagebunshin tidak bisa menyelamatkan naruto. Tapi Jurus terakhir, Rasengan mengenai tubuh Pain. Pain terlempar dan kalah. Dia lalu mengambil besi di tubuh pain agar nagato tidak bisa mengendalikan pain god realm.Dia bertemu ayah Ino dan Shikamaru. Mereka menahan naruto untuk diselamatkan. Tapi Naruto mendesak ingin pergi. Ayah shikamaru melepaskan naruto karena teringat perkataan shikamaru. Naruto pergi ke sebuah pohon yang terbuat dari kertas buatan konan lalu masuk ke dalam pohon itu dengan merobeknya. Naruto menanyakan pada
Nagato kebenaran sebelum Naruto menjawab pertanyaan dari Nagato.
Nagato pun menceritakan bahwa orang tuanya telah dibunuh oleh orang Konoha ketika perang besar ninja terjadi di desa Amegakure. Secara tidak sengaja Nagato membunuh kedua orang Konoha tersebut. Setelah mengubur orang tuanya, Nagato bertemu Konan dan Yahiko. Ketika mereka melihat pertarungan 3 orang Konoha (Jiraiya, Tsunade, Orochimaru) dan
Hanzou,
Yahiko mengatakan bahwa dia akan menjadi dewa agar peperangan tidak akan pernah terjadi. Disaat yang sama Nagato menginginkan impian yang sama dengan Yahiko. Setelah itu mereka mencari shinobi yang dapat bertahan hidup di medan perang tersebut. Mereka bertemu Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Jiraiya akhirnya mengajarkan mereka Ninjutsu.
Setelah tiga tahun bersama akhirnya Jiraiya kembali ke Konoha dan ketiga orang itu (Yahiko, Konan, Nagato) mencari rekan yang senasib dengan mereka. Organisasi mereka cukup terkenal dengan pemimpinnya yaitu Yahiko. Hanzou yang merasa kekuasaannya akan terganggu dengan organisasi Yahiko dkk.
akhirnya bergabung dengan Danzou. Konan diculik oleh mereka dan mengajukan syarat agar Konan selamat, yaitu membunuh Yahiko. Nagato merasa bimbang akan syarat itu karena tidak mau membunuh temannya dan tidak ingin pula temannya dibunuh Hanzou. Yahiko akhirnya berlari ke Nagato dan menusukkan kunai ke tubuhnya sendiri. Yahiko pun akhirnya gugur. Kemarahan Nagato pada Hanzou tak terbendung. Ia mengeluarkan kekuatan dari mata 'Rinnegan' nya memanggil Kuchiyose : '
Gedou Mazou'. Lalu muncul lah sebuah patung besar (Yang kini menjadi alat penyimpanan Bijuu oleh Akatsuki) yang melahap pasukan Amegakure milik Hanzou dan ANBU Konoha. Dan Hanzou pun berhasil kabur dari serangan Nagato,dan itulah jawaban yang nagato berikan pada naruto. kini nagato pun menginginkan jawaban dari naruto. naruto berkata bahwa petapa mesum telah mempercyainya dan naruto percaya apa yang dipercayai oleh petapa mesum dan itulah jawaban yang naruto berikan pada nagato. nagato pun akhirnya mempercyai naruto uzumaki dan ia pun menggunakan jurusnya yaitu
Gedo Rinne Tensei no Jutsu 
Pain -
Gedo Rinne Tensei untuk menghidupkan kembali semua warga desa Konoha yang telah ia bunuh dalam penyerangabbta. Semua telah berakhir, sebagai perpisahan Konan pun memberikan bunga harapan kepada Naruto.
